洪涝灾害会导致取水口受损、自来水厂被淹、供水设施及输配水系统破坏。洪水冲刷地表或厕所将大量人畜粪便、垃圾、动物尸体冲入水中,造成水源致病微生物污染。地面大量泥沙树木也会被洪水冲入水中,造成水质浑浊度增加,感官性状恶化。内涝会淹没储存有毒有害化学品的仓库厂房等,造成水源污染。